ホームでの開幕戦、最終回に逆転サヨナラ勝ちと最高のスタートを切った2016シーズン。
しかしエース岸孝之が早々に負傷離脱すると、大黒柱を失った先発ローテーションを経験の浅い若手投手らで回す苦しい台所事情。この年に加入した新外国人投手が1勝もできなかったのも大きく響いた。
しかしルーキーの多和田真三郎がその大器の片鱗を見せつけ7勝をあげる活躍を見せると、中継ぎ陣では牧田和久･小石博孝･武隈祥太･増田達至の4投手が50試合以上登板しフル回転の活躍。来季へつながる大きな期待だ。

野手では4年目の金子侑司が一番に定着し躍動。“出塁”にこだわった打撃を徹底し、二番を打つ秋山翔吾と共に攻撃の起点となり、バファローズ糸井嘉男と並び盗塁王のタイトルを獲得した。秋山もチーム唯一のフルイニング出場を達成し、二番打者ながら打率.296とシーズン通して安定した成績を残した。

若手では3年目の山川穂高がシーズン中盤に一軍への切符を掴むと14本塁打を放ち結果を残した。レギュラー不在の遊撃のポジションには2年目の外崎修汰と1年目の呉念庭が抜擢され、それぞれ経験を積んだ。

若手の積極起用で来季への希望も見えたが、増えたのは失策数。12球団ワーストとなるシーズン101失策を記録し、接戦をものにできなかったことも響き、2016シーズンは64勝76敗3分のリーグ4位。35年ぶりの3年連続Bクラスという歴史的屈辱を受け、指揮を執ってきた田邊徳雄監督は辞任。
チームの立て直しは後任の辻発彦新監督へと引き継がれた。